بخش ژنتیک مجله نیچر

http://www.nature.com/ng/index.html

مرور میکروبیولوژی از مجله نیچر

http://www.nature.com/nrmicro/index.html

مجله ژنها و پیشرفت isi

http://www.genesdev.org/

آزمایشگاه مجازی بیوشیمی

http://www.biochemweb.org/

آنزیم پلیمراز از فواید میکروبها

While microbes are often viewed negatively due to their association with many human illnesses, microbes are also responsible for many beneficial processes such as industrial fermentation (e.g. the production of alcohol and dairy products), antibiotic production and as vehicles for cloning in higher organsisms such as plants. Scientists have also exploited their knowledge of microbes to produce biotechnologically important enzymes such as Taq polymerase, reporter genes for use in other genetic systems and novel molecular biology techniques such as the yeast two-hybrid system.
Taq polymerase ("Taq Pol," or simply "Taq") is a thermostable polymerase used in polymerase chain reaction to check for the presence or absence of a gene by amplifying a DNA fragment. First isolated from Thermus aquaticus, a bacterium that lives in hot springs and hydrothermal vents, Taq was identified as the first polymerase able to withstand the denaturing conditions required during PCR. Its enzymatic halflife (at 95 degrees Celsius) is 40 min.
One of Taq polymerases' major drawbacks is its low replication fidelity. Without a 3' to 5' exonuclease proofreading mechanism to replace an accidental mismatch in the newly synthesized DNA strand, Taq polymerase cannot be used in experiments where an identical genetic sequence is required (such as in molecular cloning). Commercially sold Taq DNA polymerase has an error rate of one in 10,000 nucleotides and typically produces 16% of mutated 1kb (kilobasepair) PCR products in a reaction. It can amplify a 1kb strand of DNA in roughly 30 seconds at 72°C.
Taq DNA polymerase also yields fragments with A (Adenine) overhangs. This is particularly useful in 'TA Cloning,' whereby a cloning vector (such as a plasmid) is used which has T (Thymine) overhangs which complement with the A overhangs of the PCR Product, thus increasing the ligation efficiency.
Pfu DNA polymerase is often used instead of, or in conjunction with, Taq polymerase. This enzyme is more thermostable and proofreads DNA, resulting in a lower error rate.
Leading commercial suppliers of Taq DNA Polymerase include [1]Promega, Roche and Invitrogen

Pseudomonas syringae pv. tomatoدر س باکتری: عبدا.. غباخلو

وقوع بيماري خال‌زدگي باكتريايي گوجه‌فرنگي در ايران، اولين بار در ورامين (شهرياري و رحيميان 1374) محرز گرديده است . در بررسي اخير 53 ايزوله باكتري از بوته‌هاي آلوده گوجه‌فرنگي ورامين، جدا و مطالعه گرديد. كليه ايزوله‌ها گرم منفی ، كاتالز مثبت ، هوازي اجباري، ميله‌اي، تك يا دوتايي و يا داراي زنجيرهء كوتاه با بيش از يك تاژك قطبي بوده و روي محيط توليد رنگ فلورسانت نمودند. استرين‌هالوان و اوره‌آز مثبت بوده اكسيداز توليد نكرده، قادر به لهانيدن سيب‌زميني و هيدروليز آرجي‌نين نبوده و در توتون و شمعداني فوق حساسيت ايجاد نمودند. تمامي آنها روي گوجه‌فرنگي بيماريزا بودند. واكنش متيل‌رد، توليد استوئين واندول، احياء نيترات كتوگلوكونات ، كتولاكتوز، لستيناز، فسفاتاز، تايروزيناز، توليد گاز از گلوكز و فنيل‌آلانين دآميناز در آنها منفي بود. ژلاتين، كازئين، توئين 80، آربوتين واسكولين را هيدروليز نمودند اما قدرت هيدروليز نشاسته را نداشتند. توليد مواد احياءكننده از سوكروز و استفاده از آسپاراژين بعنوان تنها منبع كربن و ازت در آنها مثبت بود، از سيستئين و پپتون سولفید هیدروژن توليد نكرده، شير ليتموس را قليايي و در مواردي هضم نمودند، روي محيط آگار غذايي حاوي چهار درصد نمك طعام رشد نمودند اما در غلظت پنج درصد نمك طعام رشد اكثر آنها متوقف شد. تمامي استرين‌ها از قندهاي فروكتوز، گلوكز، گالاكتوز، سوكروز، مانوز، مانيتول، مايو - اينوزيتول، زايلوز، گليسرول، آرابينوز، ملزيتوز، سوربيتول اسيد توليد نمودند. هيچيك از ايزوله‌هاي بررسي شده از قندهاي سلوبيوز، لاكتوز، مالتوز، آدونيتول، رافي‌نوز، رامنوز، اينولين، ساليسين، دكسترين، دولسيتول، اسكولين رايبوز، آميگدالين، پالاتينوز و آلفامتيل گلوكوزيداز، توليد اسيد نكردند. همهء استرين‌ها از نمكهاي گلوتارات ، سيترات ، فومارات ، گالاكتورونات استفاده نمودند اما قادر به استفاده از آسكوربات ، فورمات ، بوتيرات ، تارتارات ، پروپيونات ، تاروكولات و هيپورات نبوده و در مصرف مالونات متغير بودند. اسيدهاي آمينه لوسين، ايزولوسين، هيستيدين، آسپاراژين، لايزين، آرجي‌نين، پرولين را استفاده نمودند اما قادر به استفاده از تريپتوفان، والين، سيستئين، متيونين، گلايسين، هموسرين، فنيل آلانين، ارنيتين، تريپتامين، والين، بتاآلانين و تركيبات نيكوتين آميد، بيوتين، تيامين هيدروكلرايد، آدنين و نياسين بودند. به آنتي‌بيوتيكهاي آمي‌كاسين، كلرامفنيكل، داكسي سايكلين، جنتامايسين، كانامايسين، نئومايسين، اكسي تتراسايكلين، استرپتومايسين و توبرامايسين حساس بودند. گروه دیگرتوليد اسيد از مزواريتريتول، استفاده از -DL لاكتات و - تارتارات مثبت بوده و سرينگومايسين توليد نكردند. نقوش الكتروفورز پروتئين آنها با ايزوله سودوموناس ، عامل شانكر درختان ميوه هسته‌دار مطابقت داشته و در آزمون نشت دو طرفه در آگار وايمينوالكتروفورز با استرين‌هاي و ساير استرين‌هاي جدا

شده از ميزبانهاي مختلف ، تفاوت داشته و داراي يك خط رسوبي منحصر به فرد در تركيب همولوگ بودند. با بررسي اخير مشخص گردید در ورامین علاوه بر پاتوار تومیتو که عامل خازدگی گوجه فرنگی است پاتوار سیرینگی نیز به عنوان عامل لکه برگی وجود دارد.

عامل شانكر باكتريايي گوجه فرنگی : محمد محمدی پور

بيماري شانكر باكتريايي گوجه‌فرنگي در ايران، ابتدا از منطقه اروميه در استان آذربايجان‌غربي گزارش گرديد. در بررسي اخير،106 ايزوله باكتري از بوته‌هاي آلوده گوجه‌فرنگي استان آذربايجان‌شرقي جداسازي و مطالعه گرديد. كليه استرين‌ها گرم مثبت ، ميله‌اي راست يا كمي خميده، در يك سر گرد، بي‌تحرك و به صورت منفرد و گاهی ،وی، شکل ديده مي‌شوند. هوازي اجباري با رشد كند بوده و كلني‌ها، روي محيطهايي مثل نوترینت اگار سوکروز به رنگ زرد و كوچك هستند. كلني‌ها، گرد و پهن و با حاشيه صاف بود. تمامي استرين‌ها، كاتالاز مثبت بوده ولي اكسيداز، اوره‌از، آرجي‌نين دي هيدرولاز و اندول منفي بودند. قادر به توليد سولفید هیدروژن از پپتون و سيستئين نبوده ولي از تيوسولفات سديم توليد نمودند. هيچ يك از استرين‌ها نيترات را احياء نكرده و لوان تولید ننمودند. واكنش متيل‌رد، توليد استوئين، تايروزيناز، فسفاتاز،

ليسيتيناز، كتوگلوكوزيد، فنيل آلانين دي آميناز

، در آنها منفي بوده، تولدي مواد احياكننده از سوكروز در آنها مثبت ، وي گاز از گلوكز تولدي نكردند. تمامي استرين‌ها، اسكولين را هيدروليز كرده ولي توانايي هيدروليز كردن ژلاتين، توئين 80، كازئين و آربوتين (بتاگلوكوزيد) را نداشتند. از نظر هيدروليز نشاسته، استرين‌ها متغير بودند. روي آگار غذايي حاوي 6 درصد كلرورسديم رشد نموده و روي 7 درصد، رشد آنها متوقف گرديد. تمامي استرين‌ها روي گوجه‌فرنگي بيماريزا بوده و در گياهان توتون، شمعداني و لاله عباسي، حساسيت ايجاد نمودند. هيچ كدام از استرين‌ها، قادر به لهانيدن سيب‌زميني نبودند. شير ليتموس را قليايي و در مواردي هضم نمودند. دكربوكسيلاز در آنها منفي و روي محيطهاي ای ام بیو تی تی سی رشد نموده ولي قادر به استفاده از محيط سيترات نبودند. استرين‌ها از قندهاي، آرابينوز، زايلوز، سلوبيوز، سوكروز، فروكتوز، گالاكتوز، گلوگز، گليسرول، لاكتوز، مالتوز و مانوز اسيد توليد نمودند ولي از قندهاي مزواريتريتول، ادونيتول، آميگدالين، مايو-اينوزيتول، اينولين، پالاتينوز، ترهالوز، دوليستول، دكسترين، رافينوز، رامنوز، رايبوز، ساليسين، سوربيتول، فوكوزدي وال، مانيتول، ملزيتوز و ملي‌بيوز اسيد توليد نكردند. استرين‌ها، از نمكهاي استات ، اگزوگلوتارات ، پيروات ، ساكسينات ، سباسينات ، سيترات ، فومارات و لوولينات استفاده نمودند اما قادر به استفاده از اسپارات ، اگزالات ، پروپيونات ، پكتات ، تارتارات دي-ال، تانات ، فرمات ، كاپروات ، گالاكتورونات ، گليكولات ، مالونات ، نيكوتينات و والرات نبودند. اسيدهاي آمينه -L آسپاراجين، آلانين، اورنيتين، ايزولوسين، لوسين و ليزين را استفاده نموده ولي قادر به استفاده از تايروزين، -L سرين، گلوتامين، والين و -L هيستيدين نبودند. به آنتي‌بيوتيكهاي آميكاسين، كلرامفنيكل، ديوكسي سيكلين، اريترومايسين، كليندامايسين، لينكومايسين، ريفامپيسين و وانكومايسين خيلي حساس و به كاربنسيلين، كانامايسين و اكسي تتراسيكلين حساس بودند و نسبت به كوليستين، سفازولين وسفرادين نسبتا مقاوم و در برابر آموكسي‌سيلين، آمپي‌سيلين، كلوكساسيلين فورازوليدون، سفالكسين، سفالوتين، ناليديكسيك اسيد، پني‌سيلين، تريمتوپريم، اكساسيلين و سفاتيزوكسيم مقاوم بودند. نقوس الكتروفورزي پروتئين‌هاي كليه استرين‌ها با ايزوله استاندارد Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis (524) به جزء در تعدادي از باندها، مشابه بودند. تعدادي از باندهاي پروتئيني ايزوله استاندارد به صورت يك باند ضخيم بوده در حالي كه اين باندها در همان موقعيت براي استرين‌هاي جدا شده از گوجه‌فرنگي استان آذربايجان‌شرقي به صورت دو باند جدا از هم بودند. واكنش سرولوژيكي آزمون نشت دو طرفه در آگار اكثر استرين‌ها، مانند ايزوله استاندارد داراي دو خط رسوبي نزديك به هم بودند. در تعدادي از استرين‌ها، علاوه از اين، خط رسوبي سوم كمرنگ‌تر از دو خط اصلي و نزديك به چاهكهاي آنتي‌ژن استرين‌ها مشاهده گرديد. در واكنش تعدادي از استرين‌ها با آنتي‌سرم فقط يك خط رسوبي بوجود آمد. با بررسي اخير مشخص گرديد كه باكتري Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis عامل بيماري شانكر باكتريايي گوجه‌فرنگي در اكثر مزارع زير كشت استان آذربايجان‌شرقي وجود داشته و استرين‌ها در تعداد زيادي از خصوصيات باكتريولوژيكي مشابه هستند.